Лечение эндоцервицита традиционно проходит в два этапа. Для начала требуется устранить возбудителя инфекции, для этого подбирается системный антибиотик, способный уничтожить конкретного возбудителя. После избавления от инфекции следует восстановить здоровую микрофлору влагалища для снижения вероятности возможного рецидива. Необходимо учитывать, что терапия будет успешной только если будут ликвидированы все другие воспалительные гинекологические заболевания.